自由基是人体生命活动过程中生物化学反应的中间产物。在正常情况下，人体内自由基的产生和清除基本上处于动态平衡。这种平衡一旦被打破，自由基产生过多或清除过慢时，必将会加速人体的衰老和诱发各种疾病的产生，甚至致人死亡。

异黄酮抗自由基的机制有3个方面，一是当纳豆异黄酮进入人体后，会迅速与超氧阴离子产生反应，从而阻止羟自由基的产生；二是纳豆异黄酮在人体内会主动与金属离了螯合，从而阻止羟自由基产生；三是纳豆异黄酮会与脂质氧化基产生反应，阻止脂质被氧化，从而杜绝脂褐素的产生。日本科学家的一项研究证实，长期摄入纳豆的人，血液中自由基的含量很低，不足以对人体的健康产生伤害。由此可见，纳豆是传统的最佳抗氧化的活性物质之一。